צריך להתמקד בטכניקה נכונה שמחלקים נוזלים ידנית.חלק מהתקלות האופייניות בשימוש בפיפטור הינם בשימוש לא זהיר בקצות הפיפטור,קצב ותזמון לא נכון, וכן בטיפול לא ראוי.שגיאות נפוצות נוספות הם שימוש לא נכון בנפח מתאים ושימוש בפיפטור לתזוזת אויר בטיפול נוזל לא מימי. עם נוזלים צמיגים, יש להשתמש תמיד בפיפטה של תזוזה חיובית.