מיקרוסקופ דיגיטלי משתמש במצלמה דיגיטלית המחוברת למסך מחשב כדי להציג את התוצאות בזמן אמת.חלק מהמיקרוסקופים הדיגיטליים משתמשים בתוכנות מחשב לביצוע משימות מתקדמות, כגון הקלטת סרטונים, התאמת תמונות, עריכת קטעי וידיאו, ניתוח דגימות תלת ממד, ביצוע מדידות ויצירת דוחות.מגוון עצום של תעשיות, כמו חינוך, מחקר, רפואה וייצור תעשייתי, משתמשים כולם במיקרוסקופים דיגיטליים.