באופן כללי המיקרוסקופים מחולקים ל-2 סוגים: הספק גבוה והספק נמוך
.מיקרוסקופים בעלי עוצמה נמוכה = מיקרוסקופים סטריאו, מיקרוסקופ ניתוחי.
מיקרוסקופים בעלי עוצמה גבוהה = מיקרוסקופים מורכבים, מיקרוסקופים ביולוגיים.
ניתן למצוא מיקרוסקופ ביולוגי,דיגיטלי,מטלוגרפי,וידאו,סטריאו ועוד